საქართველოს იუსტიციის სამინისტროს ეროვნული არქივის ლიტერატურისა და ხელოვნების განყოფილებაში დაცულია საენათმეცნიერო სკოლის ერთ-ერთი ფუძემდებლის, აკადემიკოს აკაკი შანიძის პირადი ფონდი, რომელიც მისი გარდაცვალების შემდეგ მისმა მემკვიდრეებმა არქივს უსასყიდლოდ გადასცეს. 

აკადემიკოსი აკაკი შანიძე იყო ენათმეცნიერი, რუსთველოლოგი, ფოლკლორისტი, ეთნოგრაფი, კავკასიოლოგი, თბილისის სახელმწიფო უნივერსიტეტის ერთ-ერთი  ფუძემდებელი, მრავალი გამოკვლევისა და ნაშრომის ავტორი, შესაბამისად, მისი პირადი ფონდი მდიდარი და მრავალფეროვანია, მოიცავს 1859-1987 წლებს და მეცნიერის საუკუნოვან ცხოვრებასა და მოღვაწეობას ასახავს.
ფონდში დაცულია ბიოგრაფიული მასალა: აკაკი შანიძის დაბადებისა და ნათლობის შესახებ, ქუთაისის სასულიერო სასწავლებელში, ქუთაისის გიმნაზიასა და პეტროგრადის უნივერსიტეტში მისი სწავლის შესახებ.  
1917 წელს ახალგაზრდა მეცნიერი სამშობლოში დაბრუნდა და აქტიურად ჩაება ქართული უნივერსიტეტის დაარსების საქმეში. ცნობილია, რომ პირველი ისტორიული კრება, რომელიც თბილისში ქართული უმაღლესი სასწავლებლის გახსნის საკითხებს იხილავდა, შედგა 1917 წლის 1 მარტს, ამავე წლის 26 ნოემბრიდან პროფესორთა საბჭოს წინასწარი სხდომის ოქმები, „ძეგლის წერანი“, აკაკი შანიძის ხელითაა დაწერილი. ფონდში ამ ოქმებთან ერთად ინახება დოკუმენტები თბილისის სახელმწიფო უნივერსიტეტის დაარსების, ლექციების პირველი განაწილებისა და სხვა საკითხებზე. 
აკაკი შანიძეს ურთიერთობა ჰქონდა როგორც ქართველ, ასევე  მე-20 საუკუნის მსოფლიოს თითქმის ყველა ქვეყნის მეცნიერთან, ფონდში დაცულია მათი ნაშრომები და შანიძის გამოხმაურებები ამ ნაშრომებზე;  ჩანაწერები და მოგონებები მათზე. საინტერესოა სრულიად საქართველოს კათოლიკოს პატრიარქების  ეფრემ II-ისა და ილია II-ის პირადი ხასიათის წერილები;  მიმოწერა კონსტანტინე გამსახურდიასთან, ნიკო მართან, ჰუგო შუხარდტთან, დევიდ ლანგთან; აგრეთვე, მიმოწერა: პარიზის, ლონდონის, იერუსალიმის ბიბლიოთეკებსა და მუზეუმებთან. 
პირად არქივშია აკაკი შანიძის ნაშრომები:  ქართული ენის გრამატიკის; ქართული ენის სტრუქტურისა და ისტორიის; ხანმეტი და ჰაემეტი ტექსტების;  სინური მრავალთავის, „ვეფხისტყაოსნის“ და სხვა საკითხებზე.  საინტერესოა  მისივე ჩანაწერები: „ძველი აღთქმის წიგნების გამოცემისათვის“, „ახლადაღმოჩენილი უძველესი ქართული ძეგლების შესახებ მეთორმეტე საუკუნის მწერლობაში“, „ჯუმათის წარწერები“ და სხვ., აქვეა აკაკი შანიძის მხატვრული შემოქმედება, მისი ლექსები და კაფიები, გაშაირება იოსებ გრიშაშვილთან.
უამრავი მასალაა დაცული სამეცნიერო მივლინებებსა და ექსპედიციებთან დაკავშირებით, მათ შორისაა: 1920 წლის პირველი სამეცნიერო მივლინება სვანეთში, შემდეგომში მოსკოვსა და პეტროგრადში ქართული ხელნაწერებისა და სიძველეების დასაბრუნებლად, 1924 წელს მივლინება სომხეთში გიორგი  ჩუბინაშვილთან, ლეონ  მელიქსეთ-ბეგთან და ნ. სევეროვთან ერთად. ამ ექსპედიციის დროს შანიძემ შეისწავლა კოშისა და თაიჩარუხის ქართული წარწერები, ამას მოჰყვა მივლინებები სომხეთსა და აზერბაიჯანში, აფხაზეთში, რაჭაში, ქიზიყსა და ბორჩალოს მაზრაში. შეგროვდა მდიდარი და საინტერესო ფოლკლორულ-დიალექტოლოგიური მასალა; სალექსიკონო მასალა; ქიზიყური, ჯავახური, ქართლური დიალექტის; თუშური, მთიულური, გუდამაყრული კილოს მასალა; სვანური ზღაპრები. მასალა ხალხური პოეზიისათვის, ლეგენდები, ეპიტაფიები, ანდაზები და სხვა. 
განსაკუთრებით საინტერესოა იერუსალიმსა და ბულგარეთში ექსპედიციების მასალები - იერუსალიმის ჯვრის მონასტრის ფოტოები, შოთა რუსთაველის პორტრეტი, ჩანაწერები და ნაშრომები პეტრიწონის მონასტრის შესახებ, კვიპროსის ხელნაწერი, ქართული წარწერები ბულგარეთში, სტატიები პეტრიწონის მონასტრის ამშენებლის გრიგოლ ბაკურიანისძის შესახებ. 
აკაკი შანიძის ფონდის მასალის გაცნობა ეროვნულ არქივში შესაძლებელია მისი მემკვიდრეების, მზექალა და ლელა შანიძეების ნებართვით.