საქართველოს ეროვნულ არქივში საარქივო ფონდის დოკუმენტები ფონდებად და კოლექციებადაა დახარისხებული. დოკუმენტები მოთავსებულია ყუთებსა და შენაკრავებში, რომლებიც ინახება ცენტრალური საისტორიო არქივის ხუთ სართულზე განლაგებულ საცავებში დამონტაჟებულ 500-მდე ,,სტელაჟზე’’. ძველ საბუთთა განყოფილების დოკუმენტებისათვის ცალკეა გამოყოფილი საცავის ნაწილი;
ეროვნული საარქივო ფონდის დოკუმენტების დაცვის უზრუნველყოფისა და აღრიცხვის განყოფილების მოვალეობაა შემდეგი სამუშაოთა კომპლექსის შესრულება: დოკუმენტების დაცვის ოპტიმალური პირობების შექმნა; დოკუმენტების განლაგება საცავში და მათი ტოპოგრაფირება; საცავებიდან მკვლევარებისა და თანამშრომლებისათვის საქმეების გაცემა-დაბრუნება; საქმეთა არსებობისა და მდგომარეობის შემოწმება; განსაკუთრებულად ღირებულ დოკუმენტთა სადაზღვევო ფონდისა და სარგებლობის ფონდის შექმნა; დოკუმენტების ფიზიკური დაცვის უზრუნველყოფა და საქმეთა მომზადება სარესტავრაციო ლაბორატორიაში გადასაცემად;
განყოფილების საქმიანობის განუწყვეტელი პროცესია საქმეთა არსებობისა და მდგომარეობის შემოწმება მიღებული შედეგების სააღრიცხვო დოკუმენტებში აღნიშვნით. ყოველწლიურად საცავებიდან მკვლევართა დარბაზში და თანამშრომლებისთვის საშუალოდ 45000 შესანახი ერთეული გაიცემა. ამ რაოდენობის დოკუმენტების საცავებიდან გაცემა-ჩაბარება მნიშნვნელოვან დაკვირვებას და დიდ პასუხისმგებლობას მოითხოვს;
ეროვნული საარქივო ფონდის დოკუმენტების დაცვის უზრუნველყოფა განვითარების თანამედროვე მოთხოვნების გათვალისწინებით მათ ელექტრონულ მატარებლებზე გადატანას გულისხმობს. ამის გათვალისწინებით აქტიურად ინერგება აღწერებისა და ნუსხების ელექრტონული ვერსიების შექმნა, მიმდინარეობს დიგიტალიზაციის პროცესი.